Rejestracja przed odlotem (check-in) przebiega na stanowiskach zastrzeżonych dla SkyEurope Airlines lub oznaczonych nazwą firmy i numerem Państwa lotu. Rejestracja przy lotach międzynarodowych zaczyna się 2 godziny przed odlotem, a przy lotach krajowych godzinę przed odlotem.

Rejestracja kończy się 30 minut przed odlotem przy lotach międzynarodowych oraz 15 minut przed odlotem przy lotach krajowych. Po ukończeniu rejestracji spóźniony pasażer traci swoją rezerwację oraz prawo na jakąkolwiek formę rekompensaty. (Niektóre taryfy dopuszczają refundację ceny lotu za opłatą lub bez opłaty. O informacje o szczegółowych zasadach Państwa taryfy należy prosić przy rezerwacji.)